性器（せいき, genitals）とは、男女の生殖細胞を生み出す性腺および、その他の生殖に関わる器官の総称である。
性腺以外の性器は便宜上外性器と内性器に分類されるが、どこで境界線を引くかは人によって微妙な差異がある。たとえば膣は外性器と考える人と内性器と考える人がいる。睾丸も「外から見えない」という意味では内性器かも知れないが、体外にあるという観点から外性器に分類する人もいる。
| 男性 | 女性 | |
| 外性器 | 陰茎 陰嚢 | 陰核 小陰唇 大陰唇 膣 |
| 内性器 | 睾丸 副睾丸 精管 精嚢 射精管 前立腺 | 子宮 卵管 卵巣 |
特に陰茎と膣は性交（交接?）の主体となるので交接器とも呼ばれる。
上記以外でも膣前庭, 恥丘, 会陰, 肛門, 直腸?などは性器には分類しないが性行為には関与する。また陰毛も性的な吸引力としては重要である。また性行為や恋愛において乳房も重要な要素である。
なお口?・舌?や指?・太股?なども性行為には使用されるがこれらを性器に分類する人はいない。
男女の性器はしばしば似た機能を持つものが対応して存在している。その中には発生的に同じ物と、発生的には別でも結果的に似た機能を持つものとがある。その対応を下記にあげる。（何と何が対応するかは異説も多い）
| 男性性器 | 女性性器 |
| 睾丸 | 卵巣 |
| 副睾丸 | 卵管采・卵管膨大部 |
| 精管 | 卵管 |
| 精管膨大部 | 子宮体部 |
| 精嚢 | - |
| 射精管 | 子宮頸管? |
| 前立腺 | 小前庭腺（スキーン腺） |
| 尿道球腺（カウパー腺） | 大前庭腺（バルトリン腺） |
| - | 膣 |
| 尿道海綿体? | 小陰唇 |
| 陰嚢 | 大陰唇 |
| 陰茎 | 陰核 |
